Sejak tahun 2012, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen, kementerian Agama Republik Indonesia mewajibkan seluruh Pendidikan Tinggi Keagamaan Kristen di Indonesia mengajukan akreditasi Institusi dan Program Studi kepada Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi. Hingga saat ini seluruh Pendidikan Tinggi Keagamaan Kristen Mentaatinya dengan tekad untuk meningkatkan mutu Pendidikan Tinggi Keagamaan Kristen di Indonesia. Namun, pada Maret 2022 Badan Akreditasi Nasional menetapkan bahwa Akreditasi Program Studi dilakukan oleh Lembaga Akreditasi Mandiri. Ironisnya, Lembaga Akreditasi Mandiri Ilmu Keagamaan Kristen hingga saat ini belum juga dapat dihadirkan.
